（一）办公室
机关文电、会务、机要、档案、财务、政务公开、信息报送、督查督办、安全保密、信访、基建和后勤服务工作；组织重大调研；承担《重庆科技志》编撰工作。
（二）政策法规处
起草科技地方性法规、规章；承担机关规范性文件合法性审查工作；负责行政执法监督工作；负责机关行政复议、行政诉讼等法律事务；会同有关部门推进科技体制改革，指导市属科研机构的组建与发展；会同有关方面拟订促进产学研结合的相关政策；负责组织实施软科学研究；指导民营科技企业发展；负责全市性科技类民办非企业单位核准工作。
（三）发展计划处
开展科技发展战略研究，组织拟订科技发展规划和计划指南；负责科技计划综合管理和监测评估，提出计划经费配置的意见；组织科技计划项目的立项论证、监督检查和结题验收；负责重点新产业和自主创新产品有关管理工作；负责工程技术研究平台建设及管理；承担科技统计管理工作和市科技顾问团日常工作。
（四）重大专项办公室
会同有关方面拟订科技重大专项实施办法，审核实施计划，提出综合平衡、方案调整和相关配套政策建议，跟踪和监督实施，协调解决重大问题，组织评估和验收；负责相关综合信息管理。
（五）科研条件与财务处
拟订科研条件保障和科技资源合理配置的政策措施；负责科技经费部门预决算编制及各项科技经费的使用、监督及管理；监督管理市属科研国有资产；牵头负责科技资源共享平台建设，管理科技期刊；负责科研仪器设备进口减免税的审核工作；负责科技金融和科研条件保障工作。
（六）基础研究处
拟订基础和应用基础研究的方针政策和发展规划；管理市自然科学基金项目；指导市级以上重点实验室的规划建设；组织实施应用基础研究重点专题；承办基础研究有关工作；会同做好科技人才培养工作。
（七）高新技术发展及产业化处
承担工业科技领域高新技术发展及产业化的宏观管理、综合协调工作；拟订工业领域高新技术发展规划，组织实施相关科技计划，建设相关科技平台；组织申报、管理火炬计划及中小企业创新基金；负责高新技术企业及产品认定，指导高新技术产业园区、生产力促进中心、科技孵化器建设。
（八）农村科技处
承担农村科技发展的宏观管理、综合协调工作；负责市级农村科技发展项目的规划、实施及管理，拟订农村重大科技产业规划；对区县（自治县）科技工作进行指导协调；组织实施星火计划、农村科技培训和科技扶贫工作；承担科技促进三峡移民工作；开展科技促进区域经济社会发展、统筹城乡发展、科技创新服务体系建设等工作。
（九）社会发展科技处
拟订社会发展领域科技发展规划和政策；组织实施社会发展领域高技术研究发展计划、科技攻关计划和政策引导类科技计划；承担《中国21世纪议程》实施的有关协调工作，指导可持续发展实验区、示范区建设工作；承担社会发展领域基地与条件平台（国家和市级工程技术研究中心、企业技术中心）的建设工作。
（十）国际合作处
组织实施国际科技合作与交流计划，协调重要民间科技合作交流项目；配合有关部门做好引进国外科技智力工作；承担科技系统因公出国（境）团组的审核管理工作和科技外事统计工作；推动科技项目招商引资工作；承办涉港澳台科技合作与交流事宜。
（十一）成果市场处
拟订科技成果管理、科技成果转化、技术市场管理、政府科技奖励的政策、规定和办法；组织推进科技成果转化（产业化）及科技成果转化平台建设；组织科技奖励评审工作；牵头负责国内科技合作；承担技术市场的指导、管理和服务工作，培育技术中介机构，促进科技中介机构服务体系建设；负责科技成果、技术评价的管理及科技保密工作。
（十二）组织人事处（重庆市院士工作办公室）
承担科技系统人才工作；协同选派科技副区县长；组织自然科学研究专业技术职务资格的评审工作；承担中国科学院、中国工程院院士候选人的组织推荐和在（来）渝院士的联系、服务工作；承担机关和所属单位队伍建设、机构编制、人事工作；承担所属、协管单位的领导班子和领导干部的考察、管理工作；负责科技系统党群工作。
（十三）宣传统战处
拟订科技系统宣传文化工作规划，协调和组织实施宣传文化活动；负责科技新闻发布工作；负责科技系统政治理论学习；指导和管理中央在渝代管单位、所属单位的统战工作何精神文明建设；负责科普工作规划的制定及检查，组织重大科普活动，承担科普基地的认定工作，承担市政府科普奖励工作。
（十四）机关党委
负责机关党群工作。
（十五）离退休人员工作处
负责机关离退休人员管理工作，指导所属单位的离退休人员工作。
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